Bătălia pentru Pământ tocmai s-a încheiat, însă bătălia pentru Univers abia a început. După reîntoarcerea pe Cybertron, Starscream preia controlul asupra Decepticonilor și este hotărât să se întoarcă pe Terra cu forțe crescute. Autoboții, convinși că pacea este posibilă, află că rămășițele lui Megatron au fost furate de la Armata SUA și că Decepticonii încearcă să-l readucă la viață. Cu Megatron la fel de puternic ca la început și ajutat de Starscream și noi membri ai grupului Decepticonilor, Autoboții pot avea mari bătăi de cap în încercarea de a proteja libertatea. Optimus Prime incearca sa il salveze pe Sam , dar este omorat. Sam incearca sa inteleaga niste simboluri si ajunge in Egipt , dandu-si seama ca este posibil sa il invie pe Optimus cu ajutorul Matricei, pe care o gaseste dar care se transforma in praf. Totusi Sam nu isi pierde speranta ca va reusi, si astfel porneste o cursa disperata pentru a ajunge la Optimus, incercand sa treaca printre decepticoni, alaturi de Mikaela.