Când un nou Pokemon amenință să creeze noi dimensiuni paralele, responsabilitatea îi revine lui Ash Ketchum și prietenilor săi ca să-l oprească pe acesta din a-și folosi puterile în scopuri rele.
În această continuare la primul lungmetraj, frații Elric dau peste cel mai dur adversar de până acum, un ucigaș în serie singuratic cu o cicatrice mare pe frunte.